Por existir dos variedades con muy claras diferencias fenotípicas, una silvestre y una doméstica, se ha propuesto dividir esta especie en dos subespecies.2
La subespecie silvestre, cuyo nombre científico es Cairina moschata sylvestris (Stephens 1824),3 se conoce comúnmente como pato real en la mayor parte de su área de distribución natural. Se trata de un pato grande con plumas predominantemente de color negro lustroso en los machos y negro mate en las hembras, con manchas blancas en las alas, que se hacen más notorias durante el vuelo, y pico también negruzco. En el rostro, en torno al pico, posee unos gránulos o carúnculas rosadas o rojas. Mide unos 76 cm de longitud. Los machos en celo suelen despedir olor a almizcle.
De la especie silvestre original, gracias al manejo por comunidades indígenas, se derivó desde tiempos precolombinos la subespecie doméstica conocida en toda Latinoamérica como pato criollo (Cairina moschata domestica), la cual presenta importantes variaciones: por ejemplo, debido a la selección por el hombre y a la menor necesidad de volar para buscar su alimento, se han hecho más pesados, y por ello han perdido la capacidad de volar largas distancias como sus congéneres silvestres. Su plumaje suele ser menos lustroso y más variable, siendo muy comunes los ejemplares con vientre, cuello y rostro blancuzcos. Los colores no son siempre uniformes en todos los individuos: hay ejemplares totalmente blancos o sólo negros, así como grises, marrones y con diferentes combinaciones de estos colores. A la subespecie doméstica también se le conoce popularmente en español como pato casero, pato mudo, pato de Berbería y pato almizclado.
Su hábitat típico corresponde al de los sitios arbolados con suficiente agua dulce, preferentemente en humedales, lagunas, o en cercanías de arroyos o ríos de corriente lenta. En tales zonas se les suele encontrar posados sobre las ramas de los árboles próximos a los espejos o corrientes de agua. La subespecie doméstica vive además en climas templados y sin los requisitos de tanta humedad o arbolado.
La subespecie silvestre se reproduce normalmente durante la temporada lluviosa que es cuando más abundan los alimentos y refugios para las crías. Anidan preferentemente en cavidades del tronco o ramas de grandes árboles. Una de las especies de árboles más utilizada para nidificar es el Samán (Samanea saman), debido a que a estos árboles se le forman cavidades amplias cuando se le desprenden las ramas. En esas cavidades la hembra pone alrededor de 15 huevos, la incubación dura 30 días y los patitos eclosionan todos simultáneamente. Cuando los patitos están ya listos para abandonar el nido, el mismo día o el día siguiente de salir del cascarón, la madre los llama desde el suelo y los patitos se lanzan en caída libre hasta caer al suelo, algunas veces desde 6 a 8 metros de altura. De allí se van caminando tras de la madre hasta algún cuerpo de agua cercano donde permanecerán varios meses, hasta que sean capaces de volar.
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